При использовании протокол IMAP для подключении к почтовому серверу ваши письма после их удаления зачеркиваются вместо того чтобы удалиться. Просто IMAP протокол работает с заголовками писем и тем самым обозначает что он удален.Для полного удаления письма\ем воспользуйтесь дополнительной командой Правка -> Очистить удаленные сообщения.